はじめに
今回は、発明が生まれたときに、これを出願するか、出願せずにノウハウとして秘匿するかの判断基準等について、ご説明したいと思います。
出願すべきか秘匿すべきか
発明をした際に、これを全て出願していて頂ければ、特許業界も再興するかもしれません。私に依頼して頂ければ、なお大変有難いです（笑）。
もっとも、生まれた発明全てを出願することが、特許戦略として正解かと言えば、もちろんそうではありません。
確かに、ある発明について特許権を取得すれば、独占排他権により、他者が許諾なく自由に実施することができなくなる一方、自分が独占的に実施できるので、そのように独占できる範囲を増やした方が良いはずです。
しかし、一方で、特許権というのは無体財産なので、他社が特許権に係る発明を（あなたが知らないうちに）同時に実施（使用したり、製造したり）してしまうことができます。
たとえば、方法の発明の場合（スクリーニングの方法など）を考えると、通常は、他者の工場内で行われるので、特許権者が、特許発明の実施（使用等）を見つけ出すことは、非常に困難な場合が多いです。
一方で、出願して１年６月が経過すると、発明が公開されるので、（無体財産ゆえに）発明は他者に簡単に実施されてしまい、しかも、上述のように特許権者が侵害を発見できないということが生じててしまう場合もあります。
そうだとすれば、そのような方法の特許については、敢えて出願せずに、自社内で秘匿しておく、という選択肢も考えられるのです。
方法の特許以外にも、ソフトウェアに関する発明についても、同様に発見しずらいかもしれませんね。あるいは、最近だとＡＩ関連発明（特にアルゴリズム）に関する発明なども、発見が難しい例かもしれません。
秘匿する場合の注意点
工場内で行われるような方法の発明について、敢えて出願せずに、ノウハウとして秘匿する場合には、注意しておくべきことがあります。
もちろん、秘密情報として厳密に情報管理するということは当たり前なのですが、先使用権をきちんと証明できるよう証拠を確保しておく必要があります。
あなたが、ある方法の発明を出願せずに秘匿すると決めたとしても、他社が同じ方法を発明し、出願してしまうかもしれません。その場合には、あなたの会社は、他社の特許発明ゆえに、当該方法の発明をもはや使えなくなってしまいます。
もちろん、前述したように、方法の発明だから、バレない可能性は高いかもしれませんが、それでも、他者の特許権を侵害するのは宜しくありません。後述するように、特許権侵害訴訟を提起され、査証制度を使って、あなたの会社の工場に乗り込まれるかもしれません。
でも、あなたの会社が、他者の出願前から、その方法の発明を使用していたのであれば、先使用に基づく通常実施権がありますので（特許法７９条）、特許権侵害にはならないということになります。
まとめると、出願しないで秘匿するとしても、他者が特許権を取得した場合に備えて、自分に、先使用に基づく通常実施権があることをきちんと立証できるよう、日付付きの書面（証拠等）を残しておく必要があります。
査証制度
今年（２０２０年）４月１日から、改正法が施行され、査証制度（提訴後の証拠収集制度）が始まりました（改正特許法１０５条の２以下）。
査証制度の下では、特許権者の請求により、被疑侵害者の工場へ中立な技術専門家が立ち入り、侵害立証に必要な証拠を確認し、報告書の形で、裁判所に提出され、これにより、侵害立証が可能となります。
つまり、先に述べた方法の発明などの工場内で行われる侵害行為を把握することが可能となるのです。
しかし、査証制度がこれから実務でどれくらい実効的に使われるかは不透明です（制度があっても活用されないという例は世の中に沢山ありますから。）。
実際、査証制度については、査証が認められるための要件が比較的厳しいところもあり、裁判所がどれくらい柔軟に認めるか次第だと思います。
裁判所のスタンスにより、全然活用されないかもしれませんし、予想よりも使われるかもしれません。
弁護士・弁理士としては、特許業界再興のため、大いに活用されてほしいと思っています。もっと言えば、米国のようなディスカバリーを導入してほしいです！あと、ついでにいえば、３倍賠償。これも、学者などから反対が多いですね。
逸失利益の概念よりも、利益吐き出し、さらに、懲罰的賠償の導入ですね。特許業界は盛り上がらないと潰れてしまいます。
一部のノウハウ秘匿について
秘匿するのではなく、出願する場合であっても、その発明の実施の一部を秘匿（つまり、明細書に書かない）ということも考えられます。
この場合、もちろん、実施可能要件違反（特許法３６条４項１号）に該当してしまってはいけないのですが、発明は実施できる（実施可能要件を満たす）ものの、プラスアルファのノウハウ部分（明細書記載の方法よりも更に実施が容易になるとか、更により良いものが作れるとか）を敢えて明細書に書かない（秘匿する）という方法があります。
そして、ライセンス契約の際に、単に、明細書に書かれた発明について実施権を許諾するのではなく、「特許発明＋α（ノウハウ）」をセットにして、いわば、「素敵なおまけ付きで」、実施料を上げて実施権を許諾するということも考えられます。
この場合、ノウハウ部分を含めて秘密保持契約（ＮＤＡ）を締結して、第三者に漏れないようにします。
まとめ
発明は、（侵害発見が難しい方法の発明やソフトウェアに関する発明などの場合には、）出願するだけでなく、完全に秘匿する、あるいは、一部秘匿するという選択肢も考えられます。
弁理士としては、なるべく、たくさん出願して欲しいですが・・・。
完全に秘匿する場合は、先使用権の確保（証拠の保存）を忘れずに。
もしかしたら、査証制度が十分に活用され、このような発明についても、秘匿しない方がよくなるかもしれませんが、査証制度がどの程度実効的かについては、今後実務を見てみないと分かりません。要件が厳しいので、あまり期待できないかもしれません。
一部秘匿するというのは、発明に関連したノウハウ（＋α）を、明細書には記載せずに（第三者には公開せずに）、特許発明のライセンス許諾者に、ノウハウ部分も含めて、ライセンスフィーに上乗せして、許諾するのが有効かと思います。
